Pengembangan pendidikan menjadi salah satu prioritas dalam organisasi NU. Sejak berdiri pada tahun 1926, NU telah mendirikan berbagai macam satuan pendidikan, seperti Pondok Pesantren, Madrasah Diniyah Awaliyah, Ibtidaiyah, Tsanawiyah, Mulallimin Wustha dan Ulya. NU juga telah melibatkan diri secara intensif dalam berbagai perumusan kebijakan pendidikan yang berbasis masyarakat.

Untuk mengembangkan pendidikan tinggi, Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU) pada tahun 1998 membentuk sebuah yayasan yang diberi nama Yayasan Perguruan Tinggi Nahdlatul Ulama (YPTNU) melalui SK PBNU Nomor 929/A.II.03/6/1998. Di Pada tahun 1999, yayasan ini bekerja sama dengan para tokoh NU merencanakan berdirinya Universitas Nahdlatul Ulama (UNU) yang bertaraf internasional.

Gagasan besar itu kemudian mulai diwujudkan secara bertahap dengan berdirinya Sekolah Tinggi Agama Islam Nahdlatul Ulama pada tahun 2003.

Tahun 2010, berdasarkan hasil Rapat Pleno di Wonosobo PBNU mewajibkan pengelolaan perguruan tinggi langsung menggunakan badan hukum Perkumpulan Nahdlatul Ulama. Oleh karena itu, Yayasan Perguruan Tinggi Nahdlatul Ulama memmbubarkan diri dan seluruh asset yayasan termasuk STAINU Jakarta dikelola langsung oleh Perkumpulan Nahdlatul Ulama. Dalam penyelenggaraan perguruan tinggi, PBNU membentuk Badan Pelaksana Penyelenggara Perguruan Tinggi Nahdlatul Ulama yang menjadi kepanjangan tangan dari Perkumpulan Nahdlatul Ulama dalam menjalankan tugas teknis penyelenggara pendidikan yang mengusahakan berdirinya Universitas Nahdlatul Ulama Indonesia di Jakarta.

Pada tahun 2015, Izin Penyelenggaraan Universitas diberikan melalui Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 557/E/O/2014 dengan 10 (sepuluh) Program Studi.

Pada tahun 2016 melalui Rekomendasi Kementerian Agama RI dan Rekomendasi Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi maka pengurus Besar Nahdlatul Ulama mengeluarkan Surat Keputusan penggabungan STAINU Jakarta ke Universitas Nahdlatul Ulama Indonesia. Melalui SK Dirjen Diktis No. 4814 Tahun 2017 tentang Izin Perubahan Nama Sekolah Tinggi Agama Islam Nahdlatul Ulama Jakarta menjadi Fakultas Agama Islam pada Universitas Nahdlatul Ulama Indonesia, maka STAINU Jakarta resmi menjadi Fakultas Agama Islam pada Universitas Nahdlatul Ulama Indonesia. Dengan penggabungan tersebut Universitas Nahdlatul Ulama Indonesia mengelola 16 Program Studi.

Visi dan Misi

Visi

Menjadi universitas unggul berkarakter Ahlussunnah Wal Jamaah An-nahdliyah

Misi

1. Menyelenggarakan pendidikan yang bermutu, inovatif, responsif, humanis dan berkarakter Aswaja
2. Menghasilkan lulusan berkarakter Aswaja yang dapat berperan serta sebagai lokomotif peradaban
3. Menyelenggarakan penelitian berbasis keunggulan lokal untuk mengembangkan ilmu pengetahuan, teknologi, dan khazanah kearifan
4. Melaksanakan pengabdian kepada masyarakat untuk meningkatkan taraf hidup masyarakat dan memajukan bangsa
5. Mengupayakan integrasi ilmu, iman, dan amal
6. Menyelenggarakan pengelolaan universitas secara profesional untuk mendukung pelaksanaan tridharma yang bermutu

I. Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan

A.1. Prodi Pendidikan Agama Islam (Reguler)

B.1. Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah/SD

B.2. Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah/SD (Ekstensi)

C. Prodi Pendidikan Guru PAUD

D. Prodi Pendidikan Bahasa Inggris

II. Fakultas Ilmu Sosial

A.1 Prodi Psikologi (Reguler)

A.2 Prodi Psikologi (Ekstensi)

B. Prodi Sosiologi

A.1 Prodi Akuntansi (Reguler)

A.2 Prodi Akuntansi (Ekstensi)

B.1 Prodi Ekonomi Syariah (Reguler)

A.2 Prodi Ekonomi Syariah (Ekstensi)

IV. Fakultas Hukum

A.1 Prodi Ilmu Hukum (Reguler)

A.2 Prodi Ilmu Hukum (Ekstensi)

B. Prodi Hukum Keluarga (Ahwal Syakhshiyah)

V. Fakultas Teknik dan Ilmu Komputer

A.1 Prodi Teknik Informatika (Reguler)

B. Prodi Sistem Informasi (Reguler)

C. Prodi Teknologi Agroindustri (Reguler)

VI. Fakultas Ilmu Nusantara

A. Prodi Sejarah Peradaban Islam (S1)

B. Prodi Sejarah Peradaban Islam (S2)

C. Prodi Sejarah Peradaban Islam (S3)

D. Prodi Sejarah Peradaban Islam (S3) By Research